La même année que la célébration du 350e de la fondation de Montréal, en 1992, un comité étudie la possibilité de l’intégration des filles au Collège. Certaines réactions sont fortes, plusieurs parents s’opposent à ce changement et menacent de retirer leurs garçons si le Collège devenait mixte. Les opposants considèrent que c’est un des seuls collèges pour garçons qui subsistent dans la région et que le Collège de Montréal devrait trouver des avantages à conserver cette tradition. En contrepartie, d’autres croient que la mixité pourrait favoriser la croissance de l’institution (on souhaite atteindre 800 élèves). Cette mixité pourrait également améliorer les résultats scolaires des élèves. Finalement, elle favoriserait une éducation plus équilibrée où le comportement des garçons serait davantage civilisé envers le sexe opposé. Un sondage révèle que 80 % des parents ne sont pas pour l’intégration des filles au Collège, que seulement 20 % du personnel de l’institution s’y oppose et que plus de 90 % des élèves sont en accord avec le projet. Les filles seront finalement admises au Collège de Montréal en 1997.
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