À la fin de l’année 1861, un événement imprévisible vient bouleverser la vie du Collège de Montréal. Les États-Unis sont en pleine guerre civile, c’est la guerre de Sécession. La mère patrie, l’Angleterre, déploie 5000 soldats à Montréal. Le gouvernement réquisitionne le Petit Séminaire pour loger les soldats de Sa Majesté. Les pensionnaires du Collège sont déplacés au Grand Séminaire.
Le bilan de la guerre de Sécession s’avère très lourd. La guerre provoque plus de 300 000 morts dans le camp des vainqueurs nordistes. Les combats ont mobilisé au moins quatre millions de combattants. Plusieurs Canadiens français vont combattre au sein de l’armée nordiste durant cette terrible guerre civile américaine.