L’évêque Mgr Bourget prend une décision cruciale en 1840, la Compagnie des prêtres de Saint-Sulpice est désormais responsable de la formation des prêtres. C’est ainsi que le Grand Séminaire, le lieu de formation des prêtres, s’installe au Petit Séminaire. Influencé par ses nouveaux pensionnaires, le Petit Séminaire devient plus catholique que jamais, suivant les idéaux du mouvement ultramontain naissant. Chaque élève du Petit Séminaire est amené régulièrement à réfléchir au grand potentiel d’une carrière ecclésiastique, un choix très valorisé. Malgré ce virage religieux, la maison d’enseignement continue à accueillir des élèves sans vocation, dans le nouvel établissement sur la montagne, ce qui plaît bien aux familles aisées.